Pengadilan Agama Wonogiri dibentuk berdasarkan Penetapan Menteri Agama RI Nomor 6 Tahun 1947. Namun secara praktis Kantor Pengadilan Agama Wonogiri telah menjalankan tugasnya sejak hari Senin, tanggal 25 Maret 1946, dengan dilantiknya Ketua Pengadilan Agama Wonogiri yang pertama, yaitu K.H. Muqorrobin. Pada saat itu kantor masih menyewa (kontrak) salah satu rumah penduduk di Dusun Salak, Desa Giripurwo, Kecamatan Wonogiri atau tepatnya sebelah utara Pendopo Rumah Dinas Bupati Wonogiri.
Berdasarkan Staatsblad Nomor 30 tahun 1847 tanggal 5 Juni 1847, Kabupaten Anom (Onderregent) Wonogiri terbentuk, bersama-sama dengan dibentuknya 2 (dua) Kabupaten Anom lain, yaitu Kabupaten Anom Karanganyar dan Anom Malangjiwan, yang berada dalam wilayah pemerintahan Kadipaten Mangkunegaran. Dalam pelaksanaan pemerintahannya, pada setiap Kabupaten Anom, termasuk pada Kabupaten Anom Wonogiri, dibentuk Kantor Urusan Pemerintahan, Kantor Urusan Pengadilan, Kantor Urusan Kepolisian, dan Kantor Urusan Perkebunan. Pada tahun 1917, dengan Rijksblad Mangkunegaran nomor 37 dibentuk 2 (dua) Kabupaten, yaitu: Kabupaten Wonogiri dan Kabupaten Karanganyar.
Pada tanggal 3 Januari 1946 dengan Penetapan Pemerintah No 1/S.D. dibentuk Kementrian Agama, kemudian dengan Penetapan Pemerintah tanggal 25 Maret 1946 Nomor 5/S.D. semua urusan mengenai Mahkamah Islam Tinggi dipindahkan dari Kementrian Kehakiman ke dalam Kementrian Agama. Langkah ini memungkinkan konsolidasi bagi seluruh administrasi lembaga-lembaga Islam dalam sebuah wadah/badan yang bersifat nasional. Berlakunya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1946 tentang Pencatatan Talak, Nikah, Rujuk, lebih memperjelas maksud untuk mempersatukan administrasi Nikah, Talak dan Rujuk di seluruh wilayah Indonesia di bawah pengawasan Kementrian Agama.
Selanjutnya pada tahun 1978 kantor Pengadilan Agama Wonogiri pindah ke kantor baru di Jalan Jendral Gatot Subroto No. 37, Kelurahan Wonokarto, Kecamatan Wonogiri yang dibangun atas tanah seluas 968 meter persegi dengan status hak milik dengan dana DIP Departemen Agama RI, kemudian pada tanggal 19 Pebruari 2008 pindah menempati eks kantor Pengadilan Negeri Wonogiri (kantor lama) di jalan Pemuda No. 1 Wonogiri, Giripurwo, Wonogiri dengan luas tanah 2400 meter persegi yang direhab dengan menggunakan dana DIPA PTA Semarang Tahun Anggaran 2007, dan diresmikan penggunaanya oleh ketua Mahkamah Agung RI (Prof. Dr. H. Bagir Manan, S.H.,M.CL.) pada tanggal 19 Juni 2008 bersamaan dengan peresmian 13 Gedung Pengadilan Agama se Jawa Tengah yang di pusatkan di Pengadilan Agama Mungkid, Kabupaten Magelang Jawa Tengah.
