Sesuai dengan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 2009 Tentang Perubahan Kedua Atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, disebutkan bahwa “Tujuan serta tanggung jawab, susunan organisasi dan tata kerja Kepaniteraan dan Sekretariat Pengadilan diatur lebih lanjut oleh Mahkamah Agung”. . Berdasarkan ketentuan pasal 9 ayat (1) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989, disebutkan bahwa “Susunan Pengadilan Agama terdiri dari Pimpinan, Hakim Anggota, Panitera, Sekretaris, dan Juru Sita”. Dalam Pasal 10 ayat (1) dijelaskan bahwa “Pimpinan Pengadilan Agama terdiri dari seorang Ketua dan Wakil Ketua”. Panitera Pengadilan Agama dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh seorang Wakil Panitera, beberapa orang Panitera Muda, beberapa orang Panitera Pengganti dan beberapa Juru Sita sebagaimana ketentuan Pasal 26 ayat (2) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 pada setiap Pengadilan ditetapkan adanya sekretariat yang dipimpin oleh seorang Sekretaris dan dibantu oleh seorang Wakil Sekretaris, dan terakhir berdasar Peraturan Mahkamah agung RI Nomor 7 tahun 2015, Nomenklatur yang baru meniadakan wakil sekretaris dan wakil panitera. Berdasarkan ketentuan-ketentuan di atas, Struktur Organisasi Pengadilan Agama Wonogiri adalah sebagai berikut :
